Ciljevi udruživanja u Savez zadruga u Federaciji Bosne i Hercegovine su segmentirani u četiri interesne oblasti:

U oblasti poslovanja: Pružanje stručne pomoći zadrugama u utvrđivanju njihove proizvodno-poslovne orjentacije, donošenju poslovnih planova i investicionih programa; analiziranje poslovanja zadruga i predlaganje mjera i aktivnosti za unapređenje poslovanja; koordiniranje poslovnih aktivnosti zadruga u cilju ostvarivanja njihovih boljih poslovnih rezultata; prezentacija ponude i tražnje zadrugama na sajmovima i sličnim manifestacijama; pružanje operativne, organizaciono-pravne i druge pomoći potencijalnim osnivačima u svim sredinama gdje oni dobrovoljno pokažu interes za osnivanje zadruga u svim vidovima djelatnosti (pripremanje osnivačkih akata, registracija zadruge i sl.); pružanje stručne pomoći zadrugama u iznalaženju drugih vidova poslovnog organizovanja i povezivanja.

U oblasti saradnje sa državnim i drugim organima: Informisanje nadležnih državnih organa na nivou općina, kantona-županija i federalnog nivoa o rezultatima i teškoćama u poslovanju zadruga, kako bi se informacije koristile za donošenje odgovarajućih mjera u oblasti tekuće ekonomske i razvojne politike; saradnja sa nadležnim organima u općinama, kantonima-županijama i federalnom nivou na donošenju propisa i mjera od interesa za zadruge; pripremanje inicijalnih i radnih verzija zakona, programa, planova i mjera od interesa za zadruge i državu u cjelini, na inicijativu nadležnih državnih organa ili samostalno; zastupanje interesa zadruga pred državnim organima, u privrednim komorama i drugim asocijacijama u koje se, voljom zadruga Savez uključio; praćenje propisa i mjera na federalnom nivou koje se odnose na zadrugarstvo; saradnja sa zadružnim asocijacijama unutar Bosne i Hercegovine, u cilju uspostavljanja i jačanja poslovnih kontakata i zadružnog sektora u cjelini;

U oblasti edukacije i informisanja: Uspostavljanje organizovanije saradnje sa obrazovnim, naučnim i stručnim institucijama u cilju zadovoljavanja interesa zadruga; organizovanje edukacije zadrugara i zaposlenika u zadrugama, u skladu sa ispoljenim interesom zadruga, koji proizilaze iz njihove poslovne orjentacije (predavanja, kursevi, seminari, savjetovanja, stručne ekskurzije i dr.); organizovanje saradnje sa medijima u cilju blagovremenog stručnog, cjelovitog i objektivnog informisanja zadrugara i šire javnosti, rezultatima i teškoćama u poslovanju zadruga;

U oblasti rješavanja pitanja povrata zadružne imovine, na način da se zadružna imovina koja je bila u vlasništvu zadruga i zadružnih saveza, odnosno saveza zadruga poslije 1. jula 1953. godine, a koja je organizacionim odnosno statusnim promjenama ili na drugi način prenijeta bez naknade drugim korisnicima koji nisu zadruge ili zadružni savezi, vrati zadruzi iste vrste čija je imovina bila, odnosno zadružnom savezu, koji vrši funkciju zadružnih saveza čija je imovina bila, ako nje nema onda zadruzi iste vrste koja posluje na području na kome je poslovala zadruga koja je bila vlasnik imovine čiji se povraćaj traži, odnosno zadružnom savezu koji vrši funkciju zadružnog saveza, odnosno saveza zadruga čija je imovina bila.