Savezom zadruga u Federaciji Bosne i Hercegovine upravljaju njegove članice preko svojih predstavnika u organima Saveza i oblicima organizovanja u Savezu. Članicom Saveza mogu postati sve zadruge i sve regionalne zadružne organizacije sa sjedištem u Federaciji BiH. Članicom Saveza mogu postati i drugi privredni subjekti, sa sjedištem u Federaciji BiH, ako njihova djelatnost doprinosi ostvarivanju ciljeva rada zadruga i Saveza.

Organi Saveza su: Skupština, Upravni odbor, Nadzorni odbor i predsjednik Saveza.

Skupština upravlja Savezom. Članicama Skupštine Saveza, smatraju se: Predstavnici svih članica koje su u postupku osnivanja Saveza upisane u sudski registar Saveza kod nadležnog suda; predstavnici svih članica koje su nakon osnivanja Saveza stekle status članice Saveza i upisane su u sudski registar Saveza kod nadležnog suda, predstavnici svih članica koje su nakon osnivanja Saveza stekle status članice Saveza i upisane su u Knjigu zadrugara, u skladu sa članom 26. Općeg zakona o zadrugama BiH. Pravo odlučivanja na sjednici Skupštine imaju predstavnici svih članica. Svaka članica ima jedan glas u Skupštini Saveza, s tim da regionalna zadružna organizacija – članica ima onoliko glasova u Skupštini Saveza, koliko ova članica ima u svom članstvu svojih članica. Skupština trenutno broji 23 zadruge – članice i 2 (dva) regionalna zadružna saveza. Skupština ima predsjednika i potpredsjednika. Predsjednik Skupštine je Duran Balić, predstavnik ispred Boračko/Braniteljske zadruge “PLODOVI HERCEGOVINE” p.o. Konjic, potpredsjednik Skupštine je Sabrija Genjac, predstavnik ispred Zemljoradničke zadruge “Visoko” p.o. Visoko.

Upravni odbor je izvršni organ Skupštine Saveza. Ovaj organ organ: Obezbjeđuje pravilno blagovremeno izvršavanje odluka i zaključaka Skupštine Saveza; razmatra aktuelna pitanja zadrugarstva, prati donošenje i dejstvo zakona i mjera; raspisuje izbore za Skupštinu Saveza; odlučuje o formiranju i sastavu odbora, komisija,ekspertnih grupa, radnih grupa i drugih tijela; utvrđuje nacrte i prijedloge ugovora i pravila, odluka i drugih akata koje donosi Skupština Saveza; priprema godišnji izvještaj o radu Saveza i realizaciji finansijskog plana; priprema plan rada i finansijski plan za tekuću godinu; odlučuje o formiranju i organizaciji rada stručne službe Saveza; odlučuje o prijemu u članstvo Saveza; odlučuje o isključenju članica koje postupaju suprotno osnivačkom aktu ili Pravilima Saveza; donosi poslovnik o svome radu i druge normativne akte u skladu sa Zakonom i Pravilima Saveza. zbor članova Upravnog odbora provodi Skupština Saveza iz svog sastava. Upravni odbor broji 5 (pet) članova i to: Aldin Kuduzović predstavnik ispred Specijalizirane poljoprivredne zadruge “AGRODAR” p.o. Bihać, Senad Hatkić predstavnik ispred Opće poljoprivredne zadruge “Kapi Života” p.o. Tešanj, Edin Keserović predstavnik ispred Opće zadruge “ZA PLOD ” p.o. Zavidovići, Semir Nevorić predstavnik ispred Opće poljoprivredne zadruge “VIP DRINA” p.o. Ustikolina, Nijaz Kadirić predstavnik ispred Specijalizirane pčelarske zadruge ”ApiMed” p.o. Sanski Most.

Nadzorni odbor vrši kontrolu sprovođenja Pravila i drugih akata Saveza i kontrolu finansijsko-materijalnog poslovanja Saveza. Članove Nadzornog odbora bira Skupština iz reda članica Saveza. Nadzorni odbor broji 3 (tri) člana i to: Stevan Drakulić predstavnik ispred Poljoprivredne zadruge “AGROEKO” p.o. Stup – Ilidža, Nermin Šutković predstavnik ispred Zemljoradničke zadruge “AT” p.o. Donji Vakuf, Samir Ahmedbegović predstavnik ispred Opće poljoprivredne boračke zadruge “PRAČANKA” p.o. Pale-Prača

Predsjednika Saveza imenuje Skupština Saveza. Predsjednik Saveza ima brojne obaveze: Organizuje i vodi rad Saveza; stara se o zakonitosti i odgovoran je za zakonitost rada Saveza; zastupa i predstavlja Savez u pravnom prometu, pred sudovima, organima uprave i drugim institucijama, bez ograničenja; naredbodavac je za izvršenje finansijskog plana Saveza; rukovodi radom stručne službe Saveza, te odlučuje o pravima i obavezama radnika zaposlenih u stručnoj službi i dr. Za predsjednika Saveza može biti izabrano svako lice koje ispunjava uslove definisane Pravilima Saveza. Predsjednik Saveza je Senad Ćerimović, predstavnik ispred Poljoprivredne zadruge “AGROPROMET” p.o. Tuzla.