Savez zadruga u Federaciji Bosne i Hercegovine ima Stručnu službu, koja obavlja zadatke i stručne poslove, na osnovu godišnjih planova rada i finansijskih planova, koji se utvrđuju najkasnije do kraja marta tekuće godine. O organizovanju stručne službe i broju uposlenih odlučuje Upravni odbor zavisno od finansijskih mogućnosti Saveza, dok njome upravlja i organizuje njen rad predsjednik Saveza.

Stručnu službu Saveza čine:

• Predsjednik Saveza – nije stalno uposlen u Savezu
• Stručni saradnik za zadrugarstvo – stalno uposlen u Savezu
• Računovostveno-knjigovodstvena služba – obavlja ove poslove van Saveza po ugovoru o poslovno-tehničkoj saradnji,
• Zadružni revizori – angažuju se po ugovoru o djelu. U periodu 2005 – 2008. godine zvanje zadružnog revizora steklo je 6 (šest) lica, a tokom 2019. godine još 11(jedanaest) lica. Trenutno je radno aktivno 6 (šest) revizora.

Stručna služba Saveza obavlja konkretne zadatke:

• Kancelarijski poslovi i to normativno-pravni poslovi, administrativno – tehnički poslovi, knjigovodstveno-finasijski poslova, poslova iz radnog odnosa, poslovi protokola i drugih opći poslovi;
• Pripremanje prijedloga planskih i izvještajnih akata, odluka i zaključaka I normativnih akata prema zadružnim organima;
• Pružanje stručnih usluga prema zadrugama i regionalnim zadružnim savezima, što obuhvata: savjetodavno – stručna pomoć u vezi sa poslovanjem i ostalim upravljanjem; savjetodavno-stručna pomoć u osnivanju i registrovanju zadruga; savjetodavno-stručna pomoć u organizovanju seminara, naučno-stručnih skupova, okruglih stolova u ime i za račun zadruga; obrada zahtjeva za ostvarivanje novčanih podrški; savjetodavno – stručna pomoć u izradi programa i projekata i njihovoj realizaciji, pomoć zadrugama u preduzimanju pravnih radnji u sporovima i predmetima kod sudova i dr.;
• Obavljanje zadružnih revizija, što obuhvata izradu godišnjih programa zadružnih revizija, evidencija o zadrugama koje nisu obuhvaćene programom revizija, dostavljanje revizorskih izvještaja zadrugama i dr.;
• Poslovi zadružne statistike što obuhvata prikupljanje podataka potrebnih za vođenje zadružne statistike i staranje o zadružnoj bazi podataka;
• Podsticanje stručnog usavršavanja u oblasti zadrugarstva, što obuhvata organizovanje konferencija, okruglih stolova, edukacija;
• Poslovi informativno-izdavačkih aktivnosti iz oblasti zadrugarstva, što obuhvata izradu pripremu i štampanje knjiga, studija, stručnih radova, časopisa, brošura i ostalo;
• Organizovanje promocije i propagandne djelatnosti od interesa za unapređenje zadrugarstva, što obuhvata organizovanje zadružnih sajmova, zajedničkog izlaganja zadružnih proizvoda na sajmovima i drugim privrednim manifestacijama, posjete sajmovima, organizovanje stručnih skupova, promocija stručnih dijela i nastupi u medijima;
• Zastupanje interesa zadruga pred državnim organima i organizacijama i bankarskim i drugim finansijskim organizacijama u oblasti zadrugarstva, što obuhvata praćenje i blagovremeno informisanje zadruga o donošenju ili izmjenama zakona, propisa, programa, pravilnika iz oblasti koje se tiču zadrugarstva (politika novčanih podrški, politika robnih rezervi i ostalo), lobiranje u donošenju što povoljnijih programa i pravilnika za interese zadruga i poljoprivredne proizvođače u oblasti poljoprivrednih poticaja na federalnom, kantonalnom i općinskom nivou, praćenje i blagovremeno informisanje zadruga iz oblasti povoljnih kreditnih linija, lobiranje u obezbjeđenju što kvalitetnijih finansijskih izvora sredstava za obrtna i osnovna sredstava za zadruge kod finansijskih organizacija;
• Ostvarivanje saradnje s međunarodnim organizacijama u funkciji iznalaženja finansijske podrške za realizaciju zajedničkih projekata, razmjene iskustava i promocije zadružnog sektora Federacije BiH;
• Lobiranje u implementiranju Općeg zakona o zadrugama BiH;
• Ostvarivanje saradnje sa drugim zadružnim organizacijama i nevladinim organizacijama